Studia Doktoranckie na Wydziale Fizjoterapii Akademii Wychowania Fizycznego we Wrocławiu stanowią III etap kształcenia na poziome wyższym. 4-letnie studia doktoranckie prowadzone są w systemie stacjonarnym i przeznaczone są dla osób posiadających dyplom ukończenia wyższych studiów magisterskich oraz posługujących się językiem angielskim w stopniu pozwalającym uczestniczyć w zajęciach prowadzonych w tym języku. W trakcie studiów doktorant poznaje najnowsze osiągnięcia i z dziedziny fizjoterapii i nauk pokrewnych oraz zapoznaje się z metodami pracy naukowej.
Uwieńczeniem studiów jest przygotowanie i obrona pracy doktorskiej, więc nacisk położony jest na pracę własną doktoranta, który pod kierunkiem opiekuna naukowego przygotowuje propozycję otwarcie przewodu doktorskiego. Po jej zaakceptowaniu przez Radę Wydziału doktorant po kierunkiem promotora prowadzi badania i pisze pracę doktorską. Studia są zorganizowane w taki sposób, by sprzyjać rozwojowi intelektualnych możliwości doktoranta i wyposażać go narzędzia przydatne dla prowadzenia samodzielnej pracy naukowej. W programie studiów znajduje się więc blok zajęć o charakterze metodycznym i metodologicznym obejmujące takie przedmioty jak: statystyka, filozofia/etyka, dydaktyka szkoły wyższej czy warsztatowe zajęcia uczące przygotowania projektu naukowego.
Doktorant poznaje najnowsze osiągnięcia nauki uczestnicząc w zajęciach ze studiów literaturowych, na których analizowane są krytycznie teksty naukowe w języku angielskim.
W programie obecne też są zajęcia o charterze indywidualnym: praktyki naukowe i dydaktyczne oraz praca z opiekunem i promotorem.